Ο Καποδίστριας βρήκε την Παιδεία διαλυμένη και στην ουσία μη λειτουργούσα λόγω των χρόνων του πολέμου από το 1821 και μετά. «… Διά τα σχολεία χρειάζονται οικήματα, εγώ δε φθάσας ενταύθα εύρηκα μόνον καλύβας όπου εσκεπάζοντο πλήθος οικογενειών πειναλέων».
Οι ιδέες του Καποδίστρια για την παιδεία των Ελλήνων πήγαζαν από το Πιστεύω του. Συνοπτικά μπορούμε να πούμε αυτό που ο ίδιος έγραφε: «… Αποτελεί Θεία τιμή το να αναθρέψει κάποιος Ελληνόπαιδες, με τις γνώσεις της Ιεράς μας Θρησκείας, να τους εκπαιδεύσει στην πάτριον γλώσσα και να τους προπαρασκευάσει για ανώτερες Πανεπιστημιακές σπουδές».
Δεν είναι τυχαία η ίδρυση Υπουργείου «επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως Γραμματείαν»,με γραμματέα τον Ν. Χρυσόγελο, που είχε την ευθύνη για τα Εκκλησιαστικά και τα εκπαιδευτικά θέματα, μια συνύπαρξη που υπάρχει μέχρι και σήμερα. Στις 8 Οκτωβρίου 1829 ο Κυβερνήτης της Ελλάδος Καποδίστριας έγραφε: «ότι η επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως Γραμματείαν, είναι δύο υπηρεσίες αχώριστες ως μίαν εχούσας αρχήν, τον Πατέρα των Φώτων, και προς ένα συντρεχούσας σκοπόν, την ηθικήν των πολιτών διαμόρφωσιν».
Ο Καποδίστριας πίστευε ότι ο λαός έπρεπε να μορφωθεί διότι αλλιώς θα υπερίσχυε το «δίκαιο του ισχυρότερου στηριζόμενο εις την αμαθίαν και αποκτήνωσιν του πλήθους». Αυτό θα μπορούσε να επιτευχθεί με τον συνδυασμό της πνευματικής και χειρωνακτικής εργασίας και την προώθηση της επαγγελματικής εκπαίδευσης. Παράλληλα πίστευε στην οργάνωση των σχολείων κατά το μοναστηριακό σύστημα. Γι’ αυτό προσέθετε αναγνώσματα από πατερικά κείμενα κατά την ώρα του γεύματος και την ώρα του δείπνου. Έβαλε σκοπό και στόχο την ίδρυση ενός τουλάχιστον σχολείου σε κάθε χωριό και κωμόπολη «Εντεύθεν και καταγίνομαι μετ’ επιμονής μάλιστα εις τα τρία ταύτα, να συστήσω εις πάσαν κοινότητα έν ή περισσότερα αλληλοδιδακτικά σχολεία, να βάλω θεμέλια τυπικών σχολείων και σχολείων τεχνών και εργοχείρων, …» με σύστημα διδασκαλίας την αλληλοδιδακτική μέθοδο.