Με την Άλωση της Κωνσταντινούπολης πολλοί πνευματικοί άνθρωποι κατέφυγαν στη Δύση. Στην τουρκοκρατούμενη Ελλάδα, μέχρι το 1600 περίπου, η παιδεία έπεσε σε πραγματική παρακμή.
Η Εκκλησία, φορέας της ελληνικής παιδείας και γλώσσας κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας και συνεκτικός ιστός των ελληνορθόδοξων, σήκωσε το βάρος της εκπαίδευσης των υπόδουλων: τα σχολεία λειτουργούσαν στους νάρθηκες των εκκλησιών και στα μοναστήρια, ενώ τα παιδιά διδάσκονταν από εκκλησιαστικά βιβλία ανάγνωση και γραφή. Χρέη δασκάλου έκαναν οι ιερείς ή οποιοσδήποτε άλλος ήξερε ανάγνωση και γραφή.
Τον 17ο και 18ο αιώνα, με τη βοήθεια του κλήρου και την οικονομική ενίσχυση των εμπόρων, τα σχολεία πολλαπλασιάστηκαν τόσο στην ηπειρωτική Ελλάδα, όσο και στα νησιά.
Το δίκτυο των σχολείων πυκνώνει όσο πλησιάζουμε προς τις αρχές του 19ου αιώνα, από ατομικές πρωτοβουλίες και με τη συμβολή των κοινοτήτων. Έτσι ιδρύθηκαν μια σειρά από προοδευτικά σχολεία, όπου διδάσκονταν και οι νέες ιδέες με παιδαγωγικές μεθόδους παρόμοιες με αυτές της Ευρώπης, εκδόθηκαν βιβλία, μελετήθηκαν οι θετικές επιστήμες, επιδιώχθηκε σύνδεση με την αρχαιότητα.
Στα τέλη του 18ου αιώνα και στις αρχές του 19ου αιώνα επικρατούν στον χώρο του υπόδουλου γένους οι φιλελεύθερες αξίες του ευρωπαϊκού Διαφωτισμού (ελευθερία, δικαιοσύνη, ανεξιθρησκία, αρετή, επιστήμη) και η πεποίθηση ότι η παιδεία είναι απαραίτητη για την αφύπνιση του Γένους.
Το πνευματικό κίνημα που δημιουργείται ονομάζεται Νεοελληνικός Διαφωτισμός και αναπτύσσεται αρχικά μέσα στην Εκκλησία (π.χ. οι Ευγένιος Βούλγαρης και Νεόφυτος Δούκας ήταν ιερείς). Κύριο αίτημά του είναι η παιδεία για όλους τους Έλληνες: το έθνος μόνο με την εκπαίδευση θα μπορούσε να αποβάλει τα ελαττώματα που του προσέδωσε η περίοδος της δουλείας και μόνο με την πνευματική αναγέννηση θα μπορούσε να υιοθετήσει την ιδέα της επανάστασης. Αξιόλογοι εκπρόσωποι του Νεοελληνικού Διαφωτισμού δεν δίστασαν να έρθουν σε σύγκρουση με τις συντηρητικές δυνάμεις, συμβάλλοντας στην εθνική αφύπνιση των Ελλήνων και στο ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης.
Μέσα από τα κηρύγματα του Νεοελληνικού Διαφωτισμού αποκρυσταλλώθηκαν τα αιτήματα του υπόδουλου έθνους: η αποτίναξη του οθωμανική ζυγού, η ίδρυση ανεξάρτητου ελληνικού κράτους και η εγκαθίδρυση φιλελεύθερων αρχών σε αυτό. Σημαντικοί εκπρόσωποι του Νεοελληνικού Διαφωτισμού είναι, μεταξύ άλλων, ο Ευγένιος Βούλγαρης, ο Ιώσηπος Μοισιόδακας, ο Δημήτριος Καταρτζής, οι Δανιήλ Φιλιππίδης και Γρηγόριος Κωνσταντάς, ο Νεόφυτος Δούκας, ο Θεόφιλος Κορυδαλλέας και ο Ανώνυμος συγγραφέας της Ελληνικής Νομαρχίας. Κορυφαίοι, όμως, αναδείχθηκαν ο Ρήγας Βελεστινλής και ο Αδαμάντιος Κοραής.